管理しているWordPressを2.8.5にアップデートした。
wp_list_categories でカテゴリーメニューを表示していたが、アップデート後に表示が消えてしまった…
ソースをいじったりしてみたが、改善されず…
結局の所、「my category order」プラグインの管理メニューを表示した瞬間、
taxonomy.php に対してパッチが適用されましたと表示され、無事に復帰されました。
カテゴリーメニューの表示順を変更できるようにしてあったのが、原因でした…
同様の現象に遭遇した時の為に、書いておきます。